Yutaka Yamamoto nasce a Osaka l'1 settembre 1974; inizia a lavorare per Kyoto Animation dopo la laurea in letteratura all'università di Kyoto, dove si unisce a un club locale con cui realizza un tokusatsu indipendente omaggio ai vecchi lavori di Hideaki Anno.
Durante la collaborazione con Kyoto Animation, Yamamoto inizia la gavetta lavorando a vari ruoli minori come la stesura di storyboard, l'assistente alla produzione e la regia di singoli episodi di vari anime, tra cui Air, Full Metal Panic e Kanon. Il suo contributo più importante e significativo rimane la coreografia del balletto della sigla di chiusura de La malinconia di Haruhi Suzumiya.
Yamamoto debutta alla regia con Lucky Star, ma il risultato non è molto soddisfacente, tanto che viene sostituito dopo il quarto episodio in quanto non ritenuto ancora pronto.
Il 23 giugno 2007 Yamamoto viene licenziato dalla Kyoto Animation e decide quindi di fondare lo Studio Ordet, insieme ad altri vecchi dipendenti dello studio tra cui Yusuke Matsuo e Satoshi Kadowaki. L'anno successivo Yamamoto si occupa della regia di Kannagi, incarico che questa volta mantiene fino a fine serie. Nel 2009 dirige un corto di 90 secondi, Tonari no 801-chan, allo scopo di vendicarsi della Kyoto Animation, che aveva tempo prima annunciato una serie ispirata al medesimo manga per poi cancellarla, senza spiegazioni, poco dopo.
Soprannominato dai fan Yamakan, il regista e produttore ha criticato più volte l'attuale stato dell'animazione giapponese, rimproverando i produttori di dedicarsi solo a opere fotocopia per otaku senza tentare di creare prodotti originali per tutti, e lamentando l'assenza di grandi personalità artistiche come Tomino, Anno o Miyazaki. Per questo motivo, al momento di annunciare la sua opera Fractale ha dichiarato di essere pronto a ritirarsi in caso di un suo insuccesso, in quanto il suo obiettivo era quello di "salvare gli anime".
Lo scarso gradimento di pubblico e critica di Fractale ha spinto Yamamoto a prendersi una pausa dall'animazione, salvo tornare nel 2013, quando dirige due nuove serie e lancia il progetto Wake Up, Girls, anime che racconta la formazione di un gruppo di idol, in modo più realistico rispetto ad altre produzioni similari.
Nel 2016 Yutaka Yamamoto annuncia un nuovo ritiro a tempo indeterminato per riprendersi in seguito a "troppe irragionevoli congiunture accumulatesi" che lo hanno fatto ammalare.
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